南朝宋太始初年时，兰州有一位出家人，此人名为宝志和尚，宝志从12岁起便开始修行佛法，到了20岁的时候，前往江东道的林寺，深入学习禅学。
某一日，宝志和尚忽地变得异样，仿若受了某种影响。他留起了长发，手持锡杖，赤着双脚在街道间来回走着。他能接连好多天不进食，且讲话时前言不搭后语，旁人听不懂他的意思。即便这样，宝志却能预告一些未来之事，且好多预言事后都被证实了。所以，江东的百姓把他当作神明来敬仰。齐武帝觉得宝志和尚在蛊惑民众，于是派人把他关进了牢狱。
然而，到了第二天，人们发觉宝志和尚居然现身于街市上，再返回监狱去看，宝志和尚依旧在牢房之中。宝志和尚跟狱卒讲：门外有两辆车子给我送饭，饭盛在了金钵里，你去把它拿过来吧。没过多久，文惠太子与竟陵王果真带着饭来到了宝志所在的牢房。建康的县令吕文显把这件事情禀报给了武帝，于是武帝把宝志迎进宫中，让其住进皇宫的后院，而且暂停了内部的宴会活动，宝志能够如同普通人那般随意进出。
自那时起，宝志和尚多次精确预见一些稀奇古怪、让人难以置信之事，且每一件均获证实。宝志和尚曾于梁武帝跟前展现自身神通，形态光彩夺目，仿若菩萨雕像。宝志在世之际，凭借神奇预言与非凡能力，赢得众人崇敬，成为一位被神化的神僧。时至冬天，他已97岁，告知弟子们：菩萨要离去了。不足十天，他便毫无病痛地死去。临终之时，他点燃一支蜡烛，并将蜡烛递给后屋的守门人吴庆 。
吴中庆急忙向梁武帝汇报，皇帝发出叹息，讲道：大师已不在世间了，给出“烛”这个意思啊，是打算让你对其后事向我郑重托付的嘱托。进而，梁武帝下达命令，要为宝志和尚举办十分隆重的葬礼，且把他的遗体埋葬安放在钟山的独龙阜山岗之上。独龙阜处于钟山主峰的一处独立山岗位置，风水状况相当不错，恰好格外适宜埋葬安置有着特别意义的人，所以宝志挑选在此处来作自己的安葬之地。
在公元855年之后，便进入了大明的初期阶段。在公元1369年5月的某一个早晨之时，南京城的上空呈现出万里晴朗无云的状态，年龄大约四十岁左右的朱元璋才刚刚开始上朝理政，大臣徐达上前报告声称：陛下，在钟山上有一种紫云气出现了，呈现出若隐若现的态势，百姓们都说在那紫云气里面藏着象征祥瑞的龙。
朱元璋听闻之后，内心充满了好奇，随后便带领着刘基、徐达、汤和等一众人员，一同前往钟山，去探寻其中的究竟。事实上，朱元璋很早之前就已然存在为自己挑选皇陵的想法，此次的游览其真实目的是要让大臣们为他确定一个适宜的陵寝地点。几位大臣依据自身的判断，各自选定了他们认为风水最为优良的位置，最终他们发觉，所有人都挑选了同一个地方——独龙阜。
从风水的视域去看，独龙阜它背靠钟山的主峰龙脉，其两侧存在着山丘环绕这一情形，具体呈现出的样子如同青龙和白虎一般，这样的态势对于气运的凝聚是有着帮助作用的。山中另外还有溪水流淌这件事，所有的这些迹象都表明独龙阜确实是一处绝佳的帝王陵寝所在之地。既然所有的人都认定此地风水是非常杰出的，朱元璋当时便立刻决定要在这里建造皇帝的陵墓。然而耶，当大臣们准备在独龙阜着手开始建造时，才发觉这里已然埋葬有两位名人，便是宝志和尚以及吴主孙权。
刘基告知朱元璋，宝志和尚乃南朝时声名远扬的神僧，众多事件他预言得极为精准，同时他还具备极为神奇的分身术，能于监狱与街头同一时刻现身。宝志和尚故去后埋葬于独龙阜，梁武帝为其修筑了开善寺以及宝公塔，然而从风水方面考量，独龙阜仅能使一人运势昌盛。那要是朱元璋在此处建造皇陵，必然得将宝志和尚以及孙权之墓迁移走。
于是，朱元璋作出决定，要把这两座墓地进行迁移，为的是能够让自己在这个地方进行安葬。然而，当工人把宝志和尚的坟墓打开的时候，却发现宝志的尸体历经几百年之后居然没有腐烂，在工人无论怎么使劲的情况下，始终没有办法把宝志的尸体举起。朱元璋知道了这件事情以后，亲身去到宝志和尚的墓前进行祭拜，并且表达歉意，承诺会给宝志更换一副金棺银椁，还会赠送360亩土地用来供奉香火。同时，朱元璋在附近山谷之中建造了灵谷寺，还建造了宝塔，为宝志和尚安置下一个合适的安葬房屋，最终才顺利地把宝志的尸体转移安葬到其他地方。
一开始，宝志和尚的遗体被迁走了过后，工人们接着就开始着手处理孙权的墓地，孙权的墓地所处位置是在梅花山，这墓地对神道的走向造成了妨碍，工人们向朱元璋请示是不是要把它拆除，朱元璋给出了回答，说孙权乃是一条好汉，那就留下他来守门，于是，孝陵的神道绕开了梅花山，这样一来，孙权的墓地变成了朱元璋的陵墓守护者 。
独龙阜清场完毕后，孝陵建设随即展开，朱元璋期望自身陵墓有别于往昔帝王的设计，故而对孝陵予以大胆创新，他舍弃了传统帝陵四门对称的布局方式，参照明代皇宫设计，把孝陵改成前朝后寝、前方后圆的布局，以此展现事死如事生的观念。
孝陵的神道设计有着独特的创新之处，并非简单的直线型式样，而是顺着梅花山那种地形蜿蜒回转，并且开创了神道共享的模式，孝陵和太子东陵共同使用一条神道，孝陵的神道总体长度能有2公里，这远超任何一座帝陵的神道，藉由这些创新设计，孝陵慢慢变成明朝第一座具备真正意义的帝陵。
历经洪武、建文、永乐三朝，自1381年起始的孝陵建设历程漫长，直至朱元璋离世孝陵仍未竣工，自其儿子朱棣即位后才完成建设内容。后在永乐三年，朱棣决定为父亲孝陵立一块巨大石碑，遂指挥工人从南京东部阳山开采石材，因石材过大，即便十万骆驼也难以拉动，最终只能放弃使用这些，转而采用较小石头制作碑座与碑身。此碑高达8米，刻有2746字碑文，用以记载朱元璋生平及功绩，标点符号。
朱元璋离世后，被安葬于独龙阜附近，然而，不多时，钟山一带便流传出孝陵闹鬼的传闻，居住在周边的百姓，时常在夜半时分听到怪异的哭声，传言那是朱元璋原配妻子马皇后幽灵发出的哭声，马皇后生前与朱元璋感情极为深厚，她逝世后没能葬入孝陵，故而常常有人觉得她的魂魄在孝陵附近徘徊。
南京流传起这些传闻，有人觉得那哭声是等候丈夫归来的马皇后发出的，马皇后生前为朱元璋出主意想办法，对他取得的成就有着关键作用，朱元璋多次在公开场合夸赞马皇后，称呼她是贤妻良母，可是马皇后早早离世，给朱元璋造成极大打击，朱元璋甚至立下誓言不再册立别的皇后，期望能跟马皇后一同安享晚年。
马皇离世之后，孝陵的相关建设工作加快着速度搞起来，马皇后所使用的棺椁紧接着就被安置到陵墓当中去了，。
